고대의 일본. 필사적으로 숲을 지키려는 대자연의 신들과 인간들과의 피할 수 없는 싸움이 시작된다. 북쪽의 끝 마을에 어느 날 갑자기 재앙 신이 나타나 마을을 위협한다. 강한 힘을 가진 마을의 후계자인 아시타카는 결투 끝에 포악해진 재앙신을 쓰러트리지만 싸움 도중 오른팔에 저주의 상처를 받고 죽어야 할 운명에 처한다. 숲과 산을 짓밟아 터전을 넓히려는 인간들과 그들의 야욕에 분노의 재앙신으로 변한 멧돼지를 비롯한 대자연과의 처절한 사투. 그리고, 그 전쟁의 중심에서 자연의 편에 선 인간소녀 산과 산의 목숨을 구해 숲으로 들어온 아시타카. 두 사람은 이제 어느 편에 설 지를 결정을 내려야만 하고 인간들은 최강의 군대를 동원하여 시시 신의 숲으로 진격을 시작하는데...
